Badania donoszą, że u 2 do 37% ciężarnych pacjentek stwierdzano zakażenie szyjki macicy C. trachomatis. W Wielkiej Brytanii dane szacunkowe określały tę liczbę na poniżej 5%. Generalnie czynnikami ryzyka zakażenia w ciąży są kolejno: wiek poniżej 25 roku życia, stan wolny, liczni partnerzy seksualni w ostatnim roku. Wpływ zakażenia szyjki macicy na przebieg ciąży pozostaje nie wyjaśniony. Badania wskazujące na związek pomiędzy infekcją C. trachomatis a niepomyślnym przebiegiem ciąży nie biorą pod uwagę możliwości zakażenia innymi drobnoustrojami ani nie rozważają znaczenia czynników społecznych. Prowadzono badania porównujące ciężarne z zakażeniami chlamydiowymi szyjki macicy z grupą kontrolną pod kątem współistniejących infekcji wywołanych paciorkowcami grupy B, Mycoplasma hominis, Ureaplasma urealyticum oraz drobnoustrojami związanymi z dysbakteriozą pochwy. Porównanie obu grup wykazało brak różnic w odsetku porodów przedwczesnych, przedwczesnego pęknięcia błon płodowych, infekcji wewnątrzmacicznych oraz opóźnionego wzrostu wewnątrzmacicznego płodu13. W próbkach błon płodowych pobranych w przypadkach porodu przedwczesnego nie stwierdzono obecności chlamydii, nawet przy dodatnich wynikach hodowli z szyjki macicy.
Wyniki korzystnego wpływu leczenia erytromycyną na przebieg ciąży u pacjentek z infekcją chlamydiową trudno ocenić z powodu działania terapeutycznego na inne drobnoustroje w obrębie narządu rodnego, głównie M. hominis. Wykazano związek pomiędzy nie leczoną, przedporodową infekcją chlamydiową a poporodowym zapaleniem błony śluzowej jamy macicy. Podobnie badanie prowadzone w Afryce u kobiet ze śródporodowym zakażeniem chlamydiowym wykazało wystąpienie poporodowych zakażeń górnego odcinka dróg rodnych u 24% pacjentek.
Od dawna znany jest fakt, że noworodki urodzone drogami natury przy istniejącej infekcji są narażone na zakażenie C. trachomatis. W grupie noworodków urodzonych w przypadkach zakażeń chlamydiowych szyjki macicy odsetek przypadków zapalenia spojówek wynosił 18-50%, a odsetek przypadków zapalenia płuc 11-18%. Zapobieganie transmisji perinatalnej jest głównym wskazaniem do prowadzenia badań przesiewowych w ciąży.